Preporuča se posebna evaluacija i obrada uzoraka kod imunokompromitiranih bolesnika.

BAKTERIOLOŠKA OBRADA: vrši se rutinski

Legionella - potrebno je posebno naglasiti ukoliko postoji sumnja.

MIKOLOŠKA OBRADA: Kvasci (Candida spp) i Aspergillus obično kontaminiraju BAL uzorke, otežavajući interpretaciju mikološkog nalaza. Ukoliko se sumnja na gljivičnu infekciju potrebno je to posebno naglasiti. Ukoliko se sumnja na histoplazmozu, kokcidioidomikozu ili druge micelijske gljive, potrebno je uz mikrobiološku izvršiti i histološku obradu bioptata.

CEREBROSPINALNI LIKVOR dostaviti u sterilnoj epruveti.

BAKTERIOLOŠKA OBRADA: Potrebno je oko 2 ml likvora. Zbog osjetljivosti većine mogućih uzročnika meningitisa, likvor treba biti pohranjen na temperaturi od 37^oC do dopreme u laboratorij. Ukoliko ne postoji mogućnost čuvanja na toj temperaturi, likvor treba dostaviti u laboratorij odmah po uzimanju.

Odmah se pripremaju mikroskopski preparati i boje po Gramu, te tušom za detekciju Cryptococcus neoformans. Negativni mikroskopski nalaz ne isključuje infekciju, niti je pozitivni test potpuno specifičan.

DREN (VRH DRENA/KATETERA) dostaviti u sterilnoj epruveti (NE KORISTITI transportne podloge). Ukoliko se sumnja na sepsu vezanu uz katetere, svaki vrh drena/katetera treba biti popraćen i adekvatnim uzorkom krvi za hemokulturu. Obrisci drena/katetera ili mjesta na kojemu se oni nalaze mogu biti korisni za određivanje uzročnika ukoliko se radi o lokalnoj, vidljivoj i/ili gnojnoj promijeni na mjestu infekcije. (Urinarni ili peritonealni kateteri nisu pravilno odabrani materijal su slučaju infekcije tih lokacija – treba poslati urin ili peritonealnu tekućinu.)

BAKTERIOLOŠKA OBRADA: dren se povalja po površini krvnog agara; porast > 15 CFU sugerira kolonizaciju drena/katetera i moguću ulogu kao izvor sepse. U kulturi će se moći izolirati aerobne bakterije i gljive.

MIKOLOŠKA OBRADA: Tijekom rutinske bakteriološke obrade mogu se dokazati i gljive. Upozorite laboratorij o  značajnim promijenama kod pacijenta, koje bi eventualno ukazivale na ovu vrstu infekcije.

Gnoj iz apscesa, furunkula, karbunkula, pustula itd. uzima se pomoću punkcije ili incizije ili poslije spontane rupture. Ukoliko nije došlo do rupture, mjesto s kojeg će se uzeti gnoj i njegova okolina trebaju se pravilno dezinficirati (kao kod venepunkcije).

Uzorak treba dostaviti na isti način kao i tkivo ili u začepljenoj šprici iz koje je istisnuti suvišan zrak. Komadić tkiva je prikladniji materijal od gnoja, ali gnoj je prikladniji materjal od obriska dostavljenog u transportnoj podlozi. (Ako je moguće dobro je prilikom uzimanja gnoja pripremiti i 2-3 razmaza na predmetnom staklu, te zajedno s uzorkom poslati u laboratorij.)

Uzorci koštane srži za mikrobiološku obradu mogu se uzeti neovisno ili tijekom aspiracije ili biopsije za hematološku dijagnostiku.

BAKTERIOLOŠKA OBRADA (rutinska): Rutinska bakteriološka obrada koštane srži ne pruža dodatne informacije osim onih koje dobivate hemokulturom; preporuča se kod ispitivanja sterilnosti koštane srži donora prije transplantacije.

Brucella: Dostaviti uzorak koštane srži (1,5 ml) i posebno naglasiti koji se mikroorganizmi traže.

MIKOLOŠKA OBRADA: Za detekciju Histoplasma capsulatum dostaviti 1,5 ml koštane srži; Candida spp i Cryptococcus dobro rastu i u uzorcima krvi, te se ne preporuča kultivacija koštane srži.

Tkivo dobijeno biopsijom je obično najprikladniji uzorak za dijagnozu kožne infekcije, ali aspirirani ili drenirani gnoj, vezikularna tekućina, ili strugotina kože mogu biti također korisni za dijagnozu nekih infekcija.

BAKTERIOLOŠKA OBRADA: Za erizipel, impetigo i celulitis treba uzeti obriske s promijenjene površine kože i dostaviti u transportnoj podlozi. Aspirat iz središnjeg dijela lezije ograničene je vrijednosti. Kod paronihije, folikulitisa, karbunkula itd. najbolje je poslati aspirirani gnoj, a manje je vrijedan obrisak iz takvih gnojnih promijena.

MIKOLOŠKA OBRADA: Kod sumnje na površne mikoze kontaktirati laboratorij.

Zatražiti podloge za hemokulturu od laboratorija. Označiti ih na prethodno opisani način.

Obraditi mjesto za venepunkciju: očistiti prostor od oko 5 cm pomoću 70%-tnog alkohola; 2%-tnom jodnom tinkturom premazati odabrano polje od središta prema periferiji; 70%-tnim alkoholom obrisati poklopac bočice s podlogom za hemokulturu; pripremiti pribor za venepunkciju; staviti rukavice; NE ponovno palpirati venu (ako je ponovna palpacija neophodna, prvo dezinficirati prst u rukavici uz pomoć alkohola i joda); izvaditi krv; ne dirati sterilno područje dok postupak nije završen; promijeniti iglu i nasaditi krv u podlogu (u svaku pripremljenu bočicu unijeti 5 ml krvi); označiti svaku bočicu imenom bolesnika; NE DRŽATI U HLADNJAKU – ostaviti na sobnoj temperaturi do transporta u laboratorij.

(Najbolje je NE UZIMATI krv za hemokulturu tijekom 2 sata od davanja antibiotika. Također NE PREPORUČA se uzimati krv iz intravaskularnih katetera ili shuntova, koji su najčešće kontaminirani izvana. Da bi se izbjeglo razrjeđivanje krvi infuzijama koje bolesnik prima, uzeti krv distalno od postojeće intravenske linije.)

RUTINSKA BAKTERIOLOŠKA OBRADA: Kod odraslih, pozitivna bakterijska kultura izravno je proporcionalna volumenu i raste za oko 3% sa svakim mililitrom kultivirane krvi; 20% bakterijemičnih bolesnika ima manje od 1 CFU (colony forming units) u 10 ml krvi. Preporučena količina krvi za rutinsku bakteriološku pretragu je 10 ml, podijeljeno u jednake dijelove za aerobnu i anaerobnu kultivaciju. Kod bolesnika koji imaju pozitivne hemokulture, u oko 80% slučajeva bakteriološka dijagnoza se može postaviti nakon prvog uzorkovanja, u 90% nakon dva uzorkovanja, a u skoro 99% nakon tri uzorkovanja; optimalni broj uzoraka krvi za hemokulturu iznosi 2 do 3 za aerobnu i anaerobnu kultivaciju s 5 ml krvi u svakoj bočici. NE UZORKOVATI (NE VADITI) krv od jednog bolesnika više od 3 puta tijekom 24 sata.

SPECIJALNA BAKTERIOLOŠKA OBRADA: Kod sumnje na specifične uzročnike (Brucella, Legionella itd.) potrebne su specijalne podloge koje treba posebno zatražiti od laboratorija.

MIKOLOŠKA OBRADA: Candida spp, Cryptococcus spp, i ponekad Aspergillus spp. rast će u spomenutim podlogama za rutinsku bakteriološku obradu. Kod sumnje na gljivične infekcije (Histoplasma spp. itd) kontaktirati laboratorij.

PARAZITOLOŠKA OBRADA: Krv se ne nasađuje u podlogu. Iz krvi se pripremaju preparati (razmazi i gusta kap), boje specifičnim tehnikama (Giemsa-Romanowski) i mikroskopski pretražuje za Plasmodium, Trypanosoma, Babesia, visceralna Leishmania. Pratiti periodičnost pojave simptoma bolesti radi pravilnog vremena uzorkovanja. Označiti vrijeme uzorkovanja na uputnici.

OBRISAK NOSA (aspirat i ispirak nosa)

Obrisak nosa uzima se sterilnim obrisnim štapićem. Prilikom uzimanja treba voditi računa da ne dođe do kontaminacije normalnom mikrobnom florom s kože nosnice. 
Aspirat se dostavlja u šprici ili u sterilnoj posudi (epruveti) koja se može čvrsto zatvoriti.

BAKTERIOLOŠKA OBRADA: Obrisak nosa ili nazofarinksa se ispituje mikroskopski i kultivacijom. U nosu se, kao i u ždrijelu, mogu naći Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae. Međutim, ove bakterije se često nalaze u malom broju i u zdravih osoba. Zbog toga njima treba dati etiološki značaj ako se nađu u većem broju, uz odgovarajuću kliničku sliku.

Kod sumnje na Neisseriu meningitidis ili Bordetellu pertussiss treba, prije uzimanja materijala, kontaktirati laboratorij radi pripreme specijalinih hranilišta.

Uzima se sterilnim obrisnim štapićem. Prilikom uzimanja, štapić treba okretati oko osovine tako da bude sa svih strana natopljen materijalom. Prilikom uzimanja treba dobro paziti da ne dođe do kontaminacije normalnom florom usne šupljine.

Ukoliko se uzima materijal iz kripta tonzila, potrebno je najprije istisnuti materijal, pritiskom na okolinu kripta.

BAKTERIOLOŠKA OBRADA: Ukoliko se posebno ne naglasi, obrisci ždrijela se rutinski pretražuju na Streptococcus pyogenes (BHS-A), ostale streptokoke, Staphylococcus aureus, te ostale bakterije ako se jave u čistoj kulturi.

MIKOLOŠKA OBRADA: Radi se ukoliko je na uputnici navedena sumnja na soor ili neko drugo gljivično oboljenje.

BAKTERIOLOŠKA OBRADA (rutinska) - Ukoliko se šalje obrisak lijevog i desnog oka, potrebno je naznačiti koji je koji.

Izolacija klamidija ili virusa ne vrši se u laboratoriju Zavoda za mikrobiologiju.

PERITONEALNA TEKUĆINA (uključujući ascites i dijalizat - vidi TJELESNE TEKUĆINE)

U špricu treba uzeti 15-20 ml tekućine, istisnuti suvišak zraka, i začepiti špricu.

BAKTERIOLOŠKA OBRADA: rutinska obrada uključuje aerobnu i anaerobnu kultivaciju, te kultivaciju na podloge za izolaciju Candida spp i Aspergillus.

RANA (uključujući APSCES, DRENAŽA, TKIVO)

Uzorak tkiva je prikladniji klinički uzorak od gnoja, ali gnoj ima veću vrijednost od obriska dostavljenog u transportnoj podlozi. Uzorak tkiva treba poslati u niskoj sterilnoj posudi s poklopcem na navoj ili sterilnoj širokoj epruveti, NE u transportnoj podlozi. Mali komadić tkiva sa ruba inficirane rane dat će bolje informacije nego površinsko uzorkovanje obrisnim štapićem.

Ukoliko se rana gnoji, treba špricom, a ne obrisnim štapićem, uzeti gnoj. Gnoj predstavlja i izvrstan medij za preživljavanje anaerobnih bakterija tijekom transporta.

Kada se tijekom operativnog zahvata posumnja na anaerobnu infekciju, potrebno je aspirirati materijal s inficiranog područja i staviti ga u transportnu podlogu za anaerobe (podloge treba dobaviti iz laboratorija), te odmah transportirati i obavijestito laboratorij. 
Alternativno, sakupiti 20 ml (ili više) sadržaja u špricu, istisnuti višak zraka, začepiti špricu gumenim čepomi transportirati u laboratorij.

Kada se ne može uzeti komadić tkiva, a nema dovoljno okolnog sadržaja, treba uzeti barem dva obriska i dostaviti ga u transportnom mediju; treći obrisak omogućit će i pripremu vrijednog mikroskopskog preparata.

BAKTERIOLOŠKA OBRADA: Rutinska obrada uključuje aerobnu i anaerobnu kultivaciju.

MIKOLOŠKA OBRADA: Treba posebno naglasiti ukoliko se sumnja na gljivičnu infekciju. U slučaju sumnje na plijesni (najoptimalniji uzorak je promijenjeno tkivo) obrada traje 30 dana prije izdavanja negativnog nalaza. Obrisak nije dobar uzorak kod sumnje na gljivične infekcije tkiva.

Uzorci se uzimaju izravnim iskašljavanjem u čistu, plastičnu posudu koja se može čvrsto zatvoriti poklopcem. Ukoliko je moguće, bolesnik treba isprati usnu šupljinu vodom prije iskašljavanja, da se ukloni dio normalne flore usne šupljine.

BAKTERIOLOŠKA OBRADA: uzorci se boje po Gramu odmah po dolasku u laboratorij. Ukoliko se u uzorcima nađe velik broj odljuštenih stanica, što je dokaz faringealne kontaminacije, neće biti dalje obrađivani, nego će se zatražiti ponovno uzorkovanje.

MIKOLOŠKA OBRADA: Potrebno je posebno navesti ukoliko postoji sumnja na gljivičnu infekciju. Uzorci uzeti agresivnijim metodama, kao što je lavaža bronha, imaju veću vrijednost u detekciji ovih mikroorganizama.

Uzeti svježi uzorak u čistu, plastičnu posudu s poklopcem (posuda NE MORA biti sterilna) Dostaviti u laboratorij unutar nekoliko sati.

BAKTERIOLOŠKA OBRADA: Svježu stolicu treba dostaviti laboratoriju unutar dva sata. Ne držati u hladnjaku. Uspjeh u detekciji Shigella bolji je ako se uzorak stolice dostavi u laboratorij unutar 15 minuta od uzimanja. Obrisci rektuma manje su vrijedni uzorci od stolice. Ukoliko se uzima obrisak rektuma treba ga dostaviti u odgovarajućoj transportnoj podlozi. Uzorci se rutinski pretražuju na bakterije sljedećih rodova: Salmonella, Shigella, Aeromonas, Edwardsiella, Plesiomonas, Campylobacter i Yersinia. Ako se sumnja na E. coli O-157 ili vibrione, to treba posebno naglasiti i zatražiti posebnom uputnicom. Ukoliko se sumnja na koleru, treba obavijestiti laboratorij radi pripreme specifičnih podloga.

Određivanje leukocita u stolici: uzeti uzorak proljevaste stolice i dostaviti ga u laboratorij što je prije moguće (unutar dva sata - jer u starijim uzorcima dolazi do lize leukocita).

PARAZITOLOŠKA OBRADA: Uzorak stolice dostaviti u plastičnim posudama radi pretrage na jajašca i ciste crijevnih parazita. Bolesnici ne bi smjeli uzimati terapiju ili barijev kontrast najmanje 7 dana prije uzorkovanja.

TJELESNE TEKUĆINE (amnionska tekućina, sinovijalna tekućina, perikardijalna ili peritonealna tekućina, itd.)

Materijal se uzima punkcijom ili aspiracijom pomoću sterilne igle i brizgalice pod aseptičkim uvjetima. Na mjestu punkcije kožu treba prethodno pravilno dezinficirati.

Špricom i iglom uzeti 15-20 ml tekućine, istisnuti zrak, i dostaviti začepljenu špricu. Tekućina prikupljena u sterilne epruvete manje je primjereni uzorak, a najmanje je zadovoljavajući onaj uzet u epruvete s transportnim podlogama i obrisnim štapićima.

TKIVO - materijal dobiven biopsijom ili pri operacijama (vidi također RANA)

Ako je riječ o sitnim komadićima, treba ih sakupiti podesnim sterilnim instrumentom u sterilne epruvete. Ukoliko su komadići tkiva veći treba ih dostaviti u sterilnim plastičnim posudama s poklopcima koji se mogu čvrsto zatvoriti, ili u širokim sterilnim plastičnim epruvetama. Uzeti uzorak treba dostaviti u laboratorij odmah po uzorkovanju. Za anaerobnu kultivaciju, odmah po uzimanju prebrisati reznu plohu tkiva s dva obrisna štapića koje treba dostaviti u adekvatnom transportnom mediju. (Kontaktirati laboratorij za pripremu anaerobnih podloga). Na uputnici treba jasno naznačiti da se radi o obriscima uzetih s rezne plohe i da se traži anaerobna kultivacija. NE STAVLJATI SAMO TKIVO U TRANSPORTNU PODLOGU.

Uzorak urina mora odmah biti pohranjen na temperaturu hladnjaka, da ne dođe do umnožavanja mikroorganizama, te lažno pozitivnih rezultata.

SREDNJI MLAZ - uzorak treba uzeti u sterilni posudu.

BAKTERIOLOŠKA OBRADA (URINOKULTURA): Svaki se urin obrađuje kvantitativno tj. određuje se broj bakterija po ml urina. Priprema se preparat i boji po Gramu, te kultivira radi izolacije i identifikacije uzročnika.

Ukoliko se radi o miješanoj kulturi bakterija (više od dvije različite vrste) tražit će se ponovno uzorkovanje. Ukoliko se u kulturi nađe samo jedna bakterija, bit će identificirana ukoliko ima > 10 000 CFU/ml kad je urin uzet tehnikom srednjeg mlaza, odnosno ukoliko ima > 100 CFU/ml kad je urin uzet kateterom. Ukoliko liječnik traži drugačiju proceduru, potrebno je to posebno naglasiti ili nazvati laboratorij.

MIKOLOŠKA OBRADA: Ukoliko postoji sumnja na gljivičnu infekciju treba pretragu posebno zatražiti.

ŽELUČANI SADRŽAJ (aspirat ili bioptat)

Želučani aspirat treba biti dostavljen u laboratorij odmah po uzorkovanju, da bi se neutralizirala kiselina koja ima antibakterijski učinak.